Utrzymany w stylu międzynarodowym budynek został w 1962 roku wymieniony przez magazyn Architectural Forum jako jedna z 10 nowych budowli na całym świecie, które wniosły istotny wkład do sztuki architektonicznej w ciągu dekady. Wraz z budową nowego muzeum postanowiono odrestaurował zabytkowy budynek Fountain Elms. Zbudowany w 1995 roku Education Wing połączył oba budynki.
Nowy budynek W 1955 roku Munson-Williams-Proctor Museum of Art zlecil Philipowi Johnsonowi zaprojektowanie budynku muzeum. Miało to być pierwsze z trzech wolno stojących muzeów, które Johnson zaprojektował pod koniec lat 50.; dwa pozostałe to Amon Carter Museum of Western Art (obecnie Amon Carter Museum of American Art) w Fort Worth (1958–1961) oraz Sheldon Memorial Art Gallery (obecnie Sheldon Museum of Art) na terenie kampusu University of Nebraska–Lincoln w Lincoln (1958–1963). W tym samym czasie Johnson zaprojektował też New York State Theater (obecnie David H. KochTheater w Lincoln Center for the Performing Art w Nowym Jorku (1958–1964). Projekt ukończonego w 1960 roku Munson-Williams-Proctor Museum of Art zakładał budynek na planie kwadratu, pozbawiony okien, z galeriami rozmieszczonymi wokół centralnego, zamkniętego, piętrowego dziedzińca, zaplanowanego jako ogród z dużymi drzewami, mającymi złagodzić surową geometrię architektury.