Według stanu z marca 1939 był wychowawcą 1 kompanii w Korpusie Kadetów Nr 1 we Lwowie
W 1939, w obliczu zagrożenia konfliktem wojennym, prowadził zajęcia dla harcerzy w zakresie obronności, w czerwcu 1939 został mianowany na stanowisko komisarza Pogotowia Wojennego we Lwowie, które swoim zasięgiem obejmowało województwa lwowskie, stanisławowskie i tarnopolskie. Po wybuchu II wojny światowej we wrześniu 1939 został mianowany na stanowisko dowódcy I Ochotniczej Kompanii Harcerskiej (złożonej głównie z harcerzy i studentów z Legii Akademickiej; liczącej ok. 120 osób i wchodzącej w skład II Ochotniczego Batalionu Obrony Lwowa), walczącej w obronie Lwowa w okresie kampanii wrześniowej przeciw Niemcom, a po agresji ZSRR na Polskę z 17 września przeciw Sowietom aż do przedednia kapitulacji z 22 września 1939, gdy została rozformowana. Jednostka została zakwaterowana w podziemiach biblioteki, następnie była skoszarowana w budynku Szkoły im. św. Marii Magdaleny. Tego samego dnia, 21 września, we lwowskim kościele św. Marii Magdaleny Zbigniew Czekański wziął ślub z Jadwigą Bukowską.