We wrześniu 1939 dostał się do niewoli radzieckiej. Samotnie uciekł z transportu. Wstąpił do konspiracyjnego Związku Jaszczurczego, a następnie Narodowych Sił Zbrojnych. Działał w rodzinnym Piotrkowie. W 1941 – ścigany przez Gestapo – został przeniesiony na teren województwa krakowskiego. W lipcu 1943 przeniósł się do Warszawy. W czasie powstania warszawskiego dostał się do niewoli i trafił do Oświęcimia, a następnie do Mauthausen. Po wojnie wrócił do Polski i wszedł ponownie do struktur konspiracyjnych NSZ.
Aresztowany w październiku 1945, w dniu 6 sierpnia 1946 po pokazowym procesie otrzymał wyrok skazujący na podwójną karę śmierci. Dzięki interwencji Juliana Tuwima u Bolesława Bieruta, kara śmierci została w drodze łaski zamieniona na 10 lat więzienia. Julian Tuwim wstawił się za Jerzym Kozarzewskim po prośbie o interwencję jego żony, Magdaleny Kozarzewskiej – jej rodzina pomagała Adeli Tuwim (matce Juliana Tuwima) w czasie wojny. Tuwim spełnił prośbę Magdaleny Kozarzewskiej, upominając się również o łaskę dla osób skazanych razem z Jerzym Kozarzewskim, mimo głębokiej niezgody z ich linią polityczną – związkami z obozem narodowo-radykalnym (zgodziłem się, chociaż zieję nienawiścią do ideologii skazanych).