W grudniu 1941 został mianowany komendantem powiatu warszawskiego Polskiej Organizacji Zbrojnej. POZ została scalona z AK dopiero w sierpniu 1942, ale on sam już od kwietnia 1941 należał jednocześnie do ZWZ-AK (zaprzysiężony w tym miesiącu przez kpt. Wacława Janaszka ps. „Bolek”), współpracując m.in. z Wydziałem Artylerii KG AK w zakresie szkolenia i wydawnictw. Przeszedł także dwuletni kurs dywizyjny dowódców dyonu przy 34. W myśl umowy scaleniowej podlegający mu powiat warszawski POZ przekazał 31 października 1942 do AK, będąc odpowiedzialnym za 7 placówek: Radość, Pruszków, Włochy, Ożarów, Rembertów, Legionowo oraz Piastów. Przeszkolił stworzony przez siebie dywizjon artylerii w Legionowie.
11 listopada 1942 został awansowany na kapitana, a 3 października 1944 na stopień majora.
Na temat ww. działalności w POZ Stanisław Pietras napisał‘POZ-Polska Organizacja Zbrojna, Siew-Racławice- POZ-AK’, Stanisław Pietras, s. 69,92,93,109,110,132,149.: „Archiwum Konspiracyjne ppłk. W. Janaszka. Wnioski odznaczeniowe”..