Jako jeden z pierwszych członków POZ przeszedł do Kedywu Komendy Głównej AK i został szefem I Oddziału Organizacyjnego „Magistrat” „Gromada”. (Kedyw 81, Szef I)http://www.dws-xip.pl/PW/formacje/pw2043.htm; 'Oddziały szturmowe konspiracyjnej Warszawy 1939-1944', Tomasz Strzembosz, Państwowe Wydawnictwo Naukowe., który był jego komórką legislacyjną i składał się z dwóch działów. Dział Organizacyjno-Personalny kierowany był osobiście przez W. Chojnę, szefa Oddziału. W zakres jego pracy wchodziły wszelkie sprawy organizacyjne i personalne Kedywu. Działem Legalizacji (w 1 Oddziale) kierował od czerwca 1943 jego zastępca ppor./por. Stanisław Wierzyński ‘Klara’ odpowiedzialny za zapewnienie dokumentów do bieżących prac KedywuKomenda Główna Armii Krajowej 1939-1945, Marek Ney-Krwawicz, s. 127; Oddziały szturmowe konspiracyjnej Warszawy 1939-1944, Państwowe Wydawnictwo Naukowe, str 122.. Wacław Chojna, w porozumieniu z płk. Janaszkiem, był też odpowiedzialny za Archiwum KG AK. W przechowywaniu akt pomagała mu m.in. łączniczka „Hesia” – Janina Stępniewska„Raport Stanisława Huskowskiego ps. Ali z akcji na Kutscherę”., która następnie była jego główną łączniczka w powstaniu warszawskim. W.