W związku z reorganizacją oddziałów WOP, 24 kwietnia 1948 44 strażnica Ochrony Pogranicza podporządkowana została dowódcy 34 batalionu OP. Od stycznia 1951 strażnica WOP Słubice podlegała dowódcy 93 batalionu WOP. Od 15 marca 1954 wprowadzono nową numerację strażnic, a strażnica WOP Słubice I kategorii otrzymała ten sam numer nr 44 w skali kraju. W 1956 rozpoczęto numerowanie strażnic na poziomie brygady. Strażnica specjalna Słubice miała nr 17 w 9 Brygadzie Wojsk Ochrony Pogranicza. 1 stycznia 1960 funkcjonowała jako 5 strażnica WOP Słubice II kategorii w strukturach 93 batalionu WOP w Słubicach. 1 stycznia 1964 strażnica WOP nr 4 Słubice uzyskała status strażnicy lądowej i zaliczona została do II kategorii w strukturach 93 batalionu WOP w Słubicach. W marcu 1968 strażnica WOP nr 4 Słubice miała status strażnicy rzecznej w strukturach 93 batalionu WOP w Słubicach.
W 1976 Wojska Ochrony Pogranicza przeszły na dwuszczeblowy system zarządzania. Strażnicę podporządkowano bezpośrednio pod sztab Lubuskiej Brygady WOP w Krośnie Odrzańskim, a w 1984 utworzonego batalionu granicznego LB WOP w Słubicach jako Strażnica WOP Słubice lądowa kategorii I.