1 stycznia 1960 roku funkcjonowała jako 1 strażnica WOP II kategorii Kostrzyn w strukturach 93 batalionu WOP, a 1 stycznia 1964 jako 1 strażnica WOP lądowa II kategorii Kostrzyn. Natomiast w marcu 1968 była jako strażnica WOP rzeczna nr 1 Kostrzyn w strukturach ww. batalionu. thumb|Granica polsko-niemiecka, element służby granicznej na moście granicznym w Kostrzynie nad Odrą (1965–1970) W 1976 Wojska Ochrony Pogranicza przeszły na dwuszczeblowy system zarządzania. Strażnica WOP Kostrzyn podporządkowana została bezpośrednio pod sztab Lubuskiej Brygady WOP w Krośnie Odrzańskim, a w 1984 roku utworzonego batalionu granicznego WOP Słubice, jako strażnica WOP Kostrzyn. Po rozformowaniu Lubuskiej Brygady WOP, 1 listopada 1989 strażnica została włączona w struktury Pomorskiej Brygady WOP w Szczecinie i tak funkcjonowała do 15 maja 1991.
Straż Graniczna: 15 maja 1991 roku po rozwiązaniu Wojsk Ochrony Pogranicza, 16 maja 1991 roku strażnica została przejęta przez Lubuski Oddział Straży Granicznej w Krośnie Odrzańskim i przyjęła nazwę Strażnica Straży Granicznej w Kostrzynie nad Odrą.