Możliwe, że zrezygnowała z powodu homofobii i seksizmu w Hollywood, które narosły po wprowadzeniu Kodeksu Haysa dotyczącego cenzury w przemyśle filmowym.
W czasie II wojny światowej nakręciła swój ostatni film – Przede wszystkim odwaga, który opowiadał historię kobiety działającej w norweskim ruchu oporu. Prace dokończył Charles Vidor. Po II wojnie światowej zajęła się teatrem. Produkowała spektakle, prowadziła program radiowy. W latach 1961–1965 wykładała na wydziale teatru, filmu i telewizji Uniwersytetu Kalifornijskiego w Los Angeles. Realizowała reklamy dla Pepsi, do czego namówiła ją przyjaciółka Joan Crawford.
Dziedzictwo Wiele prac Arzner zostało zarchiwizowanych na Uniwersytecie Kalifornijskim dzięki staraniom aktorki Jodie Foster, choć zostały ponownie odkryte dopiero przez feministki drugiej fali w latach 70. XX wieku. Filmy Arzner zainspirowały m.in. przełomowy esej Claire Johnston z 1973 pt. Kino kobiet jako kontrkino. Filmy Arzner wyróżniały się prezentacją związków kobiet, przy czym reżyserka zazwyczaj odwracała społeczne oczekiwania w stosunku do kobiet, pozwalając im odnaleźć solidarność w relacji z inną kobietą.