Admirał Denshichi Okochi, dowódca marynarki wojennej w obrębie Filipin polecił mu zorganizować Morskie Siły Obronne i przygotować je do obrony stolicy kraju, Manili.
Gdy siły amerykańskie wylądowały w zatoce Lingayen na Luzonie i rozpoczęły marsz w kierunku Manili, głównodowodzący sił lądowych generał Tomoyuki Yamashita kazał Iwabuchi'emu wycofać się z miasta bez walki. Yamashita miał zamiar skonsolidować swe siły w okolicznych górach i uniknąć wciągnięcia w walki uliczne w liczącej blisko milion mieszkańców Manili. Jednak Iwabuchi odmówił wykonania rozkazu. Uważając się za winnego utraty Kirishimy oświadczył, że zmazać hańbę może tylko przez utrzymanie powierzonej mu pozycji do zwycięstwa lub śmierci. Mając do dyspozycji 16 tysięcy źle wyekwipowanych i niezdyscyplinowanych marynarzy z zatopionych okrętów oraz ponad 3 tysiące maruderów z tzw. Grupy Shimbu gen. Shizuo Yokoyamy uznał, że w mieście – a szczególnie w zabytkowym Intramuros – jest wiele miejsc nadających się do obrony.