W kwietniu 1941 roku został dowódcą krążownika szkolnego „Kashii”.
II wojna światowa W czasie ataku na Pearl Harbor Iwabuchi był dowódcą tendra „Akitsushima”, ale 25 marca 1942 roku został przydzielony do sztabu Połączonej Floty, a 20 kwietnia objął dowództwo pancernika „Kirishima”. Jednak 15 listopada tego samego roku Kirishima został zatopiony w drugiej bitwie morskiej pod Guadalcanalem. Tydzień później, 22 listopada, Iwabuchi otrzymał przydział do 11 Floty Powietrznej z zadaniem prowadzenia działań nad Guadalcanalem i Rabaulem.
10 lutego 1943 roku Iwabuchi wrócił do Yokosuki, a 1 maja awansował na kontradmirała. Cztery dni później otrzymał przydział do Wydziału Spraw Osobowych i Rekrutacji okręgu marynarki w Maizuru. W warunkach pokojowych byłby to prawdopodobnie ostatni szczebel jego kariery, jednakże coraz trudniejsza sytuacja wojenna Japonii dała Iwabuchi'emu jeszcze jedną szansę. 1 listopada 1944 roku został dowódcą 3 Południowej Floty Ekspedycyjnej, a 17 listopada także jej sił lądowych, po czym wysłany został na Filipiny, gdzie zaczynała się bitwą o Leyte inwazja aliancka.