Głównodowodzący sił japońskich na Filipinach, generał Tomoyuki Yamashita, doskonale zdawał sobie sprawę, że wobec absolutnej dominacji Amerykanów na morzu i w powietrzu, a także z racji ich zdecydowanej przewagi w dziedzinie logistyki i technicznych środków walki, wojska japońskie nie będą miały żadnych szans w starciu na otwartym polu. Z tego powodu nie zamierzał podejmować walki na obszarze centralnego Luzonu; nie planował też bronić Manili. Zamierzał natomiast wycofać gros swoich oddziałów w trudno dostępne obszary górskie w północnej i wschodniej części Luzonu, gdzie miał nadzieję wciągnąć Amerykanów w przewlekłą walkę na wyczerpanie. Yamashita rozważał nawet ogłoszenie Manili „miastem otwartym” (apelował o to marionetkowy prezydent Filipin, Jose P. Laurel). Ostatecznie polecił jednak dowódcy Grupy Shimbu, generałowi Shizuo Yokoyamie, aby w momencie zbliżania się Amerykanów ewakuować miasto – uprzednio zniszczywszy wszystkie mosty oraz instalacje o znaczeniu militarnym.