Rozkazy Yamashity zignorował jednak dowódca 31. specjalnej bazy morskiej, kontradmirał Sanji IwabuchiIwabuchi będąc oficerem Cesarskiej Marynarki Wojennej nie podlegał dowództwu armii lądowej.. Kontradmirał odmówił ewakuacji Manili, twierdząc, że uniemożliwi ona wykonanie zadań ewakuacyjno-niszczycielskich, zleconych przez dowództwo Cesarskiej Marynarki Wojennej. W rzeczywistości Iwabuchi wierzył, że filipińska stolica stanowi znakomitą pozycję obronną, a jej opuszczenie bez poważniejszej walki będzie plamą na honorze japońskich sił zbrojnych. Prawdopodobnie szukał także okazji do pomszczenia klęski w II bitwie pod Guadalcanalem, gdzie zatonął dowodzony przez niego pancernik „Kirishima”. Podległy Iwabuchiemu garnizon Manili składał się z tzw. Morskich Sił Obrony ManiliOddziały Cesarskiej Marynarki Wojennej pozostawione przez Iwabuchiego do obrony Manili liczyły ok. 12 500 żołnierzy. Ich wartość bojowa była zróżnicowana – w gronie tym znajdowali się bowiem żołnierze piechoty morskiej, marynarze z zatopionych okrętów, żołnierze służb pomocniczych, a nawet przymusowi robotnicy z Korei i Formozy. Patrz: ., wspartych przez trzy bataliony wojsk lądowych pozostawione przez gen. Yokoyamę – razem co najmniej 17 tys. żołnierzy.