W trakcie trwających miesiąc walk największe ofiary poniosła jednak filipińska ludność cywilna.

Zbrodnie japońskie thumb|Mieszkańcy północnych dzielnic Manili uciekający przed japońskimi pogromami Wraz z pogarszającą się sytuacją militarną Cesarstwa oraz rosnącą aktywnością ruchu oporu, japońska okupacja Filipin nabierała stopniowo coraz bardziej brutalnego charakteru. Represje nie omijały również mieszkańców Manili. Pod koniec 1944 roku japońska tajna policja (Kempeitai) zdołała częściowo rozbić tamtejsze struktury ruchu oporu. Japoński terror zaostrzył się zwłaszcza po wylądowaniu Amerykanów na Luzonie. W związku z przygotowaniami do oblężenia japońskie wojsko przystąpiło do bezwzględnej konfiskaty wszystkich zapasów żywności. W Manili rychło zapanował głód, a ludność cywilna była zmuszona żywić się mięsem psów, kotów, a nawet szczurów. Edwin P. Ramsey, amerykański oficer aktywnie działający w szeregach filipińskiego ruchu oporu, oceniał, że na przełomie roku 1944/1945 w Manili umierało z głodu blisko 100 osób dziennie. W wybranych kwartałach miasta Japończycy przeprowadzali „akcje oczyszczające”, w których trakcie zatrzymywano wszystkich mężczyzn powyżej 14. roku życia. Aresztowani w ten sposób Filipińczycy zazwyczaj ginęli bez śladu. Począwszy od 31 stycznia 1945 trwało także „opróżnianie” stołecznych więzień.