W oparciu o solidną zabudowę miasta oddziały Iwabuchiego rozpoczęły przygotowania do obrony.
3 lutego 1945 czołowe oddziały amerykańskiej 6 Armii wkroczyły na północne przedmieścia Manili. Żołnierze 1 Dywizji Kawalerii zdobyli kampus Uniwersytetu Santo Tomas, gdzie znajdował się japoński obóz dla internowanych osób cywilnych. Uwolniono wówczas co najmniej 4000 obywateli państw alianckich, więzionych w obozie od 1942 roku. Tej samej nocy kawalerzyści zdobyli także Pałac Malacañan, stanowiący oficjalną siedzibę prezydentów Filipin. Z kolei 4 lutego żołnierze amerykańskiej 37 Dywizji Piechoty zdobyli więzienie Bilibid, gdzie uwolnili blisko 800 alianckich jeńców wojennych oraz 530 internowanych cywilów. Amerykańskie postępy były początkowo tak szybkie, że sztab MacArthura zaczął planować organizację parady zwycięstwa – na wzór tej, która miała miejsce w wyzwolonym Paryżu. Wkrótce jednak japoński opór gwałtownie stężał. Zacięte i obfitujące w ofiary walki o wyzwolenie miasta prowadzone były aż do 3 marca 1945. Bitwa o Manilę okazała się jedną z największych bitew miejskich II wojny światowej. Stronę amerykańską kosztowała ona 1010 zabitych i 5565 rannych, podczas gdy japoński garnizon został wybity niemal do nogi.