Kontradmirał odmówił opuszczenia Manili nawet wówczas, gdy dowódca Grupy Shimbu zaproponował, że uderzy z zewnątrz na amerykański pierścień okrążenia, aby ułatwić w ten sposób japońskiemu garnizonowi odwrót z miasta.
Wiele dowodów, m.in. odnalezione po bitwie japońskie dokumenty, pozwala wysnuć wniosek, iż masowe zbrodnie na ludności Manili nie były wyłącznie ekscesami szeregowych żołnierzy i niższych oficerów. Już w połowie grudnia 1944 dowództwo japońskiego garnizonu w Manili wydało specjalną instrukcję, nakazującą traktować wszystkich Filipińczyków powyżej 14. roku życia jako potencjalnych partyzantów, których należy zlikwidować w momencie rozpoczęcia bitwy o miasto. Po wojnie znaleźli się świadkowie twierdzący, iż jeszcze przed rozpoczęciem bitwy zostali ostrzeżeni przez zaprzyjaźnionych japońskich żołnierzy lub filipińskich kolaborantów, iż japońskie dowództwo zamierza zniszczyć miasto wraz z całą jego ludnością. Tego typu ostrzeżenia otrzymać mieli m.in. niektórzy członkowie marionetkowego rządu Filipin oraz przebywający w mieście obywatele III Rzeszy.