3 listopada 2014 odebrano dwa pierwsze acatusy 3-członowe, a 6 listopada zaprezentowano je na stacji Kraków Główny wraz z 2 impulsami zakupionymi w ramach Południowej Grupy Zakupowej.

Acatusy skierowano na linię Krzeszowice – Wieliczka Rynek-Kopalnia obsługiwaną przez Małopolski Oddział Przewozów Regionalnych.

14 grudnia 2014 rozpoczęły działalność Koleje Małopolskie, którym przekazano 3 jednostki EN64, a 1 marca 2015 przekazano im jeszcze jedną jednostkę. Dwa EZT skierowano do obsługi linii Kraków Główny – Wieliczka Rynek-Kopalnia, a 2 pozostałe do rezerwy. Dostawy jednostek 3-członowych zakończono 30 stycznia 2015.

Pomiędzy 2 stycznia a 6 marca 2015 dostarczono oraz przekazano Przewozom Regionalnym wszystkie 4 jednostki 2-członowe serii EN99.

1 września 2015 Koleje Małopolskie przejęły od Przewozów Regionalnych 2 ostatnie jednostki EN64. 13 września 2015 EN64-008 został wykorzystany przez KMł do przejazdu promocyjnego po linii do Balic związanego z obchodami „Odlotowej Niedzieli” – imprezy, jaka została zorganizowana przez władze portu lotniczego w związku z zakończeniem budowy pierwszej części nowego terminala pasażerskiego.