ChIP-seq (z ang. chromatin immunoprecipitation-sequencing) – metoda analizy interakcji białek z DNA. Wykorzystuje immunoprecypitację chromatyny oraz sekwencjonowanie wysokoprzepustowe. Pierwszym krokiem jest uzyskanie fragmentów DNA, do których wiążą się badane białka – czynników transkrypcyjnych i histonów, najczęściej specyficznie modyfikowanych. Następnie fragmenty te są sekwencjonowane, mapowane na genom i poddawane dalszej analizie bioinformatycznej. Stopniowo ChIP-seq staje się coraz bardziej popularna i wypiera uprzednio stosowaną metodę ChIP-chip, która również opiera się na immuoprecypitacji chromatyny, ale zamiast sekwencjonowania wykorzystuje mikromacierze DNA.
Opis metody Immunoprecypitacja chromatyny Pierwszy krok w immunporecypitacji chromatyny polega na utrwaleniu wiązań między białkami a DNA poprzez traktowanie komórek formaldehydem. Następnie DNA poddawany jest losowej fragmentacji, najczęściej za pomocą sonikacji, rzadziej z udziałem enzymów restrykcyjnych. W jej wyniku przeważnie uzyskuje się wciąż związane z białkami fragmenty DNA długości rzędu 100–300 nukleotydów. Następnie przy użyciu przeciwciał swoistych dla badanego białka immunoprecypituje się związane z nim fragmenty. Ostatnim krokiem immunoprecypitacji chromatyny jest oczyszczenie z białek uzyskanych fragmentów DNA.