W ten sposób otrzymuje się próbę zawierającą fragmenty, z którymi in vivo związane były badane białka. Możliwe błędy wynikają z, między innymi, niejednorodnej struktury chromatyny: w próbie wynikowej znajdzie się więcej fragmentów z części genomu o otwartej strukturze chromatyny niż zamkniętej. W związku z tym, aby eksperyment był wiarygodny, powinno się przygotować również próbę kontrolną, która pozwoli wziąć pod uwagę błędy powstałe zarówno na etapie immunoprecypitacji, jak i podczas późniejszego sekwencjonowania. Najbardziej wiarygodną próbą kontrolną jest „wejściowe DNA” (input DNA) – próba przygotowywana jest podobnie jak ChIP, zadawana formaldehydem i podlega fragmentacji, ale pomija się stadium immunoprecypitacji. Inną stosowaną próbą kontrolną jest „imitowana ChIP” (mock ChIP), przygotowana podobnie jak właściwa próba ChIP, ale z użyciem nieswoistych przeciwciał oraz gDNA, czyli DNA chromosomowego. Sekwencjonowanie Uzyskane w poprzednim kroku oligonukleotydy są poddawane sekwencjonowaniu. Na tym etapie również może dojść do zakłóceń, wynikających z technicznych niedoskonałości sekwencjonowania.