Początkowo w Archiwum Głównym Akt Dawnych, następnie w Wydziale Archiwów Państwowych Ministerstwa Wyznań Religijnych i Oświecenia Publicznego w Warszawie, w którym powierzono mu referat rewindykacji, równocześnie wyznaczając go na kierownika Archiwum Wojskowego w Warszawie, które w tym czasie wchodziło w skład Wydziału Archiwów Państwowych. Dopiero od 1924 Archiwum Wojskowe stanowiło samodzielną instytucję. Stojanowski był dyrektorem Archiwum Wojskowego do lipca 1944, a następnie w latach 1949–1950 Archiwum Akt Nowych. Zimą 1944/1945 brał udział w ewakuacji zasobów archiwalnych i bibliotecznych do Częstochowy. Opiekował się nimi aż do lipca 1945, kierując jednocześnie od 16 kwietnia 1945 Archiwum Państwowym w Piotrkowie Trybunalskim. Od listopada 1945 do października 1946 jako pełnomocnik Ministra Oświaty do spraw archiwalnych na Dolnym Śląsku, pracował nad zabezpieczeniem i gromadzeniem we Wrocławiu akt rozproszonych w czasie II wojny światowej po terenie Dolnego Śląska. We Wrocławiu zorganizował Archiwum Państwowe. Od 1952 do 1958 był kierownikiem Archiwum Głównego Urzędu Statystycznego.