W efekcie porażki wyprawy wiceadmirał Duckworth został odwołany do Wielkiej Brytanii, zaś dowództwo eskadry, stacjonującej w pobliżu wybrzeża Egiptu, objął Thomas Louis. Zmarł on jednak nagle na pokładzie "Canopus" 17 maja 1807 roku.
Nowym dowódcą liniowca został komandor Charles Inglis, dowódcą eskadry, której przewodził "Canopus" mianowano kontradmirała George'a Martina. Pod ich dowództwem okręt wziął m.in. udział w udanych desantach na wyspy Ischia i Procida w pobliżu Neapolu (czerwiec 1809) oraz pościgu za eskadrą francuskich żaglowców w Zatoce Lwiej, zakończonym 23 października 1809 roku zwycięską potyczką w pobliżu ujścia Rodanu. W jej wyniku zniszczone zostały dwa liniowce francuskie i osłaniany przez nie konwój.
Okres powojenny Po zakończeniu wojen napoleońskich "Canopus" był okrętem mocno zużytym. Pomimo to, z uwagi na jego bardzo dobre właściwości morskie, nie został skreślony z listy floty, lecz skierowany do remontu. Wykonano go w stoczni w Plymouth w latach 1814–1816. W jego trakcie wymieniono poszycie okrętu, zużyte i uszkodzone elementy szkieletu oraz dokonano wzmocnienia całości konstrukcji zgodnie z nowymi trendami w budownictwie okrętowym. Jednocześnie dokonano przeklasyfikowania okrętu zgodnie z nowym systemem klasyfikacyjnym obowiązującym w Royal Navy.