Po powrocie na wody europejskie "Canopus" (z nowym dowódcą Thomasem Shortlandem), wraz z 18-działowym brygiem "Dispatch" zdobyły 27 września 1806 roku w Zatoce Biskajskiej francuską fregatę "Présidente". Następnie liniowiec został przebazowany na Morze Śródziemne.
Od listopada 1806 roku do stycznia 1807 roku żaglowiec pełnił rolę okrętu flagowego kontradmirała Louisa w wyprawie na Dardanele. Była to misja rozpoznawcza przed kolejną wyprawą, przedsięwziętą w 1807 roku pod dowództwem wiceadmirała Duckwortha. Miała na celu zmianę stanowiska Turcji w jej stosunkach z Rosją i Wielką Brytanią we wschodniej części Morza Śródziemnego.
200px|thumb|left|Przejście eskadry admirała Duckwortha przez Dardanele(obraz Thomasa Whitcomba) Wiceadmirał Duckworth wyruszył z eskadrą okrętów wydzielonych z floty admirała Collingwooda w styczniu 1807 roku. Towarzyszył mu również "Canopus" z kontradmirałem Louisem jako zastępcą Duckwortha na pokładzie. Eskadra podjęła dwie próby sforsowania Dardaneli: 19 lutego i 3 marca. Jednak w efekcie popełnionych błędów i nieudolnego dowodzenia misja skończyła się niepowodzeniem i odwrotem okrętów brytyjskich. Załoga "Canopus" straciła wskutek tureckiego ostrzału sześciu zabitych (m.in. dowódcę okrętowej piechoty morskiej, kapitana Kenta) i 26 rannych.