Początki ruchu zielonoświątkowego w Chile związane są z osobą Willisa Collinsa Hoovera (1858–1936), amerykańskiego misjonarza metodystycznego, który w roku 1902 został pastorem w Metodystycznym Kościele Episkopalnym, w Valparaíso. W latach 1909–1910 zachęcał metodystów, by zabiegali o charyzmaty. W 1910 Hoover zrywa z założonym przez Amerykanów kościołem metodystycznym i zakłada Metodystyczny Kościół Zielonoświątkowy. Z przywództwa rezygnuje w roku 1933. Rezygnacja była związana ze sporem o przywództwo oraz z kwestią wprowadzenia popularnej muzyki i gitar do kościoła, przeciwko czemu Hoover oponował. Przywódcą został Manuel Umaña i funkcję tę sprawował aż do swej śmierci w 1964 roku. W roku 1936, po śmierci Hoovera, jego zwolennicy dokonują rozłamu i powstał Ewangelikalny Kościół Zielonoświątkowy.
W roku 1946 dochodzi w nim do kolejnego podziału i wyłania się Kościół Zielonoświątkowy w Chile. Z kolei w 1952 roku z Ewangelikalnego Kościoła Zielonoświątkowego wyłania się Zielonoświątkowy Kościół Misyjny. Owe dwa nowo powstałe kościoły zaczęły wykazywać wielką aktywność na polu socjalnym, nawiązały też współpracę z innymi protestanckimi kościołami, a w roku 1961 przystępują do Światowej Rady Kościołów.