W 1934 jako rezerwy był przydzielony do Oficerskiej Kadry Okręgowej nr X jako oficer przewidziany do użycia w czasie wojny i pozostawał wówczas w ewidencji Powiatowej Komendy Uzupełnień Gródek Jagielloński. Do 1939 aktywnie zajmował się tworzeniem w zakresie rysunku i malarstwa. Po wybuchu II wojny światowej został rządcą majątku we wsi Kostarowce nieopodal Sanoka. Podczas trwającej okupacji niemieckiej 9 marca 1944 komendant Obwodu AK Sanok mjr Adam Winogrodzki ps. „Korwin” wnioskował o karę chłosty dla Stefana Pajączkowskiego oraz ziemianina z Jurowiec, Stanisława Słoneckiego, za rzekome sabotowanie prac niepodległościowych i podkopywanie autorytetu dowódców AK w terenie; sprawa ukarania obu budziła kontrowersje i nie była jednoznaczna do zaopiniowania, na co wskazywał okręgowy delegat rządu w Krakowie, Jan Jakóbiec. U schyłku wojny Stefan Pajączkowski stacjonował w oddziałach wojskowych w Przemyślu, po czym brał udział w działaniach bojowych 2 Armii Wojska Polskiego. W 1946 został zdemobilizowany w stopniu rotmistrza.