Po zakończeniu wojny zamieszkał w Poznaniu. Do 1950 był zatrudniony w Państwowych Nieruchomościach Ziemskich, następnie w Krajowym Związku Spółdzielni Przemysłu Ludowego i Artystycznego. Od 1951 członek Związku Polskich Artystów Plastyków. W dekadzie lat 50. stworzył swoje czołowe prace malarskie w dziedzinie batalistycznej oraz akwarele mundurowe. W 1956 był inicjatorem wznowienia działalności Wielkopolskiego Muzeum Wojskowego (uprzednio działającego w latach 1919–1939), które zostało ponownie otwarte 22 lutego 1963, a Stefan Pajączkowski został jego kierownikiem. W tym czasie, od 1 listopada 1957 był kustoszem Działu Wojskowego w Muzeum Narodowym w Poznaniu. Był także inicjatorem założenia w 1965 poznańskiego Koła Stowarzyszenia Miłośników Dawnej Broni i Barwy.