Została zorganizowana wystawa jego prac zatytułowana „1000 lat Oręża Polskiego”, który była prezentowana w miastach Polski. Jej główną tematyką były dzieje jazdy polskiej, wraz z jej umundurowaniem i uzbrojeniem, które stanowiły szczególne zainteresowanie Stefana Pajączkowskiego. Był autorem albumu pt. Jazda polska wydanego w 1980 przez Krajową Agencję Wydawniczą. Tworzył także jako grafik, w tym ekslibrisy o motywach wojskowych. Był współpracownikiem Bronisława Gembarzewskiego. Jego obrazy były wielokrotnie wystawiane w Bibliotece Raczyńskich w Poznaniu. W 1945 jego prace znalazły się na pierwszej powojennej wystawie wspólnej sanockich artystów zorganizowanej przez Muzeum Historyczne w SanokuJózef Ząbkiewicz, W latach powojennych. Życie kulturalne. Muzeum Historyczne, w: Sanok. Dzieje miasta. Praca zbiorowa pod redakcją Feliksa Kiryka, Kraków 1995, s. 911.. Ponadto prace trafiły m.in. do Muzeum Oręża Polskiego w Kołobrzegu. Był batalistą, znawcą historycznej kostiumologii wojsk polskich, umundurowania i uzbrojenia.
Jego żoną była Kazimiera Garapich de Sichelburg (ślub w 1927), z którą miał córki Krystynę (1928–2009) i Renatę (1930–).