W sezonie Apertura 2011 Rojas zanotował z Universidadem swoje trzecie mistrzostwo Chile, osiągnięcie to powtarzając także sześć miesięcy później, podczas sezonu Clausura 2011. Wówczas także triumfował również ze swoją drużyną w rozgrywkach Copa Sudamericana, zdobywając jedyny międzynarodowy tytuł zarówno w swojej karierze, jak i w historii klubu. Został tym samym pierwszym kapitanem w historii Universidadu, który wzniósł trofeum za wygranie międzynarodowego pucharu. Dzięki świetnej formie prezentowanej zarówno na arenie krajowej, jak i międzynarodowej, razem ze swoim partnerem ze środka obrony Gonzálezem otrzymał kilka wyróżnień indywidualnych – znalazł się w najlepszej jedenastce ligi chilijskiej 2011 roku wybranej przez magazyn El Gráfico, a także w identycznej klasyfikacji prowadzonej przez ANFP. W styczniu 2012 był bliski podpisania trzyletniej umowy z brazylijskim Botafogo FR, jednak nie przeszedł pomyślnie testów medycznych i ostatecznie pozostał w Universidadzie. W wiosennych rozgrywkach Apertura 2012 zdobył piąte w karierze, a trzecie z rzędu mistrzostwo kraju, tym razem występując na środku obrony z Osvaldo Gonzálezem.