Kościoły zrzeszone w Niezależnym Afrykańskim Kościele Zielonoświątkowym zostały otwarte po uzyskaniu niepodległości w 1963 roku.
Od 1978 do 2002 prezydentem Kenii był Kenyatta Daniel Arap Moi, który był również aktywnym członkiem Niezależnego Kościoła Afrykańskiego, nie-zielonoświątkowego kościoła ewangelicznego, założonego w 1895 roku. Po 1990 r. był popierany w dużej mierze przez stowarzyszenie zielonoświątkowe Evangelical Fellowship of Kenya. Jednym z największych i najbardziej głośnych zwolenników Moi był biskup Arthur Kitonga z Redeemed Gospel Church of Kenya. Rząd często wykorzystywał Kitonga, aby pozyskać poparcie liderów stowarzyszenia. W styczniu 2002 r. Moi nakazał, aby szkoły przejęte od Afrykańskiego Niezależnego Kościoła Zielonoświątkowego podczas rebelii Mau Mau zostały zwrócone kościołowi.
Podczas wyborów w grudniu 2002 r. kandydat Afrykańskiego Narodowego Związku Kenii, Uhuru Kenyatta, został pokonany przez Mwai Kibaki z opozycyjnej National Rainbow Coalition. Większość kościołów zielonoświątkowych i charyzmatycznych sprzeciwiła się bezpośredniemu udziału w kampanii wyborczej, z wyjątkiem Afrykańskiego Niezależnego Kościoła Zielonoświątkowego, który publicznie wspierał Kenyattę. Po wyborach 2002 r.