1 lipca 1965 WOP podporządkowano Ministerstwu Obrony Narodowej, Dowództwo WOP przeformowano na Szefostwo WOP z podległością Głównemu Inspektoratowi Obrony Terytorialnej. Do Ministerstwa Spraw Wewnętrznych odeszła cała kontrola ruchu granicznego oraz ochrona GPK. Tym samym naruszono jednolity system ochrony granicy państwowej. GPK Międzylesie weszła w podporządkowanie Wydziału Kontroli Ruchu Granicznego Komendy wojewódzkiej Milicji Obywatelskiej, kontrolę graniczną wykonywali funkcjonariusze Milicji Obywatelskiej podlegli MSW.
1 października 1971 WOP został podporządkowany pod względem operacyjnym, a od 1 stycznia 1972 pod względem gospodarczym MSW. Do WOP powrócił cały pion kontroli ruchu granicznego wraz z przejściami granicznymi. Przywrócono jednolity system ochrony granicy państwowej. GPK Międzylesie podlegała bezpośrednio pod sztab Sudeckiej Brygady WOP w Kłodzku.
W lipcu 1989, po rozformowaniu Sudeckiej Brygady WOP, GPK Międzylesie weszła w struktury nowo utworzonego sudeckiego batalionu WOP w Kłodzku i tak funkcjonowała do 15 maja 1991.
Straż Graniczna: