Po rozwiązaniu 15 maja 1991 Wojsk Ochrony Pogranicza, 16 maja 1991 ochronę granicy państwowej przejęła nowo sformowana Straż Graniczna. Graniczna Placówka Kontrolna w Międzylesiu weszła w struktury Sudeckiego Oddziału Straży Granicznej w KłodzkuZarządzenie nr 021 Komendanta Głównego Straży Granicznej z dnia 07.05.1991 utworzono Sudecki OSG według etatu nr 44/08 o stanie osobowym 656 funkcjonariuszy i 50 pracowników urzędów państwowych. i przyjęła nazwę Graniczna Placówka Kontrolna Straży Granicznej kat. II w Międzylesiu (GPK SG w Międzylesiu).
W 2000 rozpoczęła się reorganizacja struktur Straży Granicznej związana z przygotowaniem Polski do wstąpienia do Unii Europejskiej i przystąpieniem do Traktatu z Schengen. Podczas restrukturyzacji wprowadzono kompleksową ochronę granicy już na najniższym szczeblu organizacyjnym tj. strażnica i graniczna placówka kontrolna. Wprowadzona całościowa ochrona granicy zniosła podział na graniczne jednostki organizacyjne ochraniające tylko tzw. „zieloną granicę” i prowadzące tylko kontrole ruchu granicznego. W wyniku tego, w 2003 nastąpiło zniesienie strażnic SG w Lesicy i Boboszowie, a ochraniany odcinek przejęła Graniczna Placówka Kontrolna SG w MiędzylesiuZarządzenie nr 058 Komendanta Głównego Straży Granicznej z dnia 13.12.2002 r.