Trzeci nalot 25 marca 1945 roku nastąpił trzeci, ostatni atak amerykańskiego lotnictwa na Pragę. Celami bombardowania były mające status obiektów strategicznych fabryki w dzielnicach Libeň i Vysočany, a także lotniska w dzielnicach Kbely, Letňany i Čakovice. W tym nalocie zginęło 235 osób, natomiast 417 zostało rannych. Przypuszczalnym powodem bombardowania miało być udaremnienie produkcji cyklotronu do niemieckiej bomby atomowej przez zakład Marconi Radioslavia w Vysočanach.
Kontrowersje Drugi nalot na Pragę wzbudza do dziś duże kontrowersje. Amerykańscy piloci, którzy wzięli udział w nalocie, twierdzili w późniejszych latach, że był on wynikiem pomylenia Pragi z Dreznem. Jego powodem miała być panująca wtedy zła pogoda z dużym zachmurzeniem, co przekładało się na bardzo słabą widoczność. Ponadto system naprowadzania radarowego uległ awarii, a boczny wiatr, którego prędkość wynosiła do 100 mil na godzinę, spowodował, że samoloty 398. grupy bombowców zboczyły z zaplanowanej trasy o około 65 mil. Praga, którą słabo widzieli, wydawała im się podobna do Drezna ze względu na swoje położenie, obiekty kolejowe i dzielnice mieszkalne, zaś płynąca przez nią z południa na wschód rzeka Wełtawa przypominała im wyglądem przepływającą przez Drezno Łabę. Dowódca ich grupy, pułkownik Lewis P.