1 lipca 1965 Wojska Ochrony Pogranicza podporządkowano Ministerstwu Obrony Narodowej, Dowództwo WOP przeformowano na Szefostwo WOP z podległością Głównemu Inspektoratowi Obrony Terytorialnej. Do Ministerstwa Spraw Wewnętrznych odeszła cała kontrola ruchu granicznego oraz ochrona GPK. Tym samym naruszono jednolity system ochrony granicy. GPK Zebrzydowice weszła w podporządkowanie Wydziału Kontroli Ruchu Granicznego Komendy Wojewódzkiej Milicji Obywatelskiej, kontrolę graniczną wykonywali funkcjonariusze Milicji Obywatelskiej podlegli MSW.
1 października 1971 WOP został podporządkowany pod względem operacyjnym, a od 1 stycznia 1972 pod względem gospodarczym MSW. Do WOP powrócił cały pion kontroli ruchu granicznego wraz z przejściami. Przywrócono jednolity system ochrony granicy państwa. GPK Zebrzydowice podlegało bezpośrednio sztab Górnośląskiej Brygadzie WOP w Gliwicach.
Straż Graniczna 15 maja 1991 po rozwiązaniu Wojsk Ochrony Pogranicza, 16 maja 1991 Graniczna Placówka Kontrolna Zebrzydowice weszła w podporządkowanie Beskidzkiego Oddziału Straży granicznej w CieszynieZarządzenie nr 021 Komendanta Głównego Straży Granicznej z 7.05.1991 utworzono Beskidzki OSG według etatu nr 44/06.