i przyjęła nazwę Graniczna Placówka Kontrolna Straży Granicznej w Zebrzydowicach (GPK SG w Zebrzydowicach).
1 grudnia 1998 Decyzją nr 34 Komendanta Głównego Straży Granicznej z 5 sierpnia 1998Decyzja nr 34 Komendanta Głównego Straży Granicznej z 5.08.1998 w sprawie powołania zespołów do spraw nadzoru nad likwidacją Beskidzkiego OSG oraz rodzajów czynności likwidacyjnych. Polecił w niej przekazać podległe jednostki organizacyjne, majątek i sprzęt komendantom Karpackiego OSG i Śląskiego OSG., GPK SG w Zebrzydowicach została włączona w struktury Śląskiego Oddziału Straży Granicznej w Raciborzu.
W 2000 rozpoczęła się reorganizacja struktur Straży Granicznej związana z przygotowaniem Polski do wstąpienia, do Unii Europejskiej i przystąpieniem do Traktatu z Schengen. Podczas restrukturyzacji wprowadzono kompleksową ochronę granicy już na najniższym szczeblu organizacyjnym tj. strażnica i graniczna placówka kontrolna. Wprowadzona całościowa ochrona granicy zniosła podział na graniczne jednostki organizacyjne ochraniające tylko tzw. „zieloną granicę” i prowadzące tylko kontrole ruchu granicznego.