W dwudziestoleciu międzywojennym świątynia była czynna jako filia parafii w Milejczycach, status parafii odzyskała dopiero w 1940.
Obiekt ten uległ całkowitemu zniszczeniu w czasie pożaru 22 lipca 1944, gdy zbombardowana została cała wieś, i został odbudowany w latach 1945–1948 dzięki staraniom miejscowego proboszcza, ks. Eugeniusza Pańki. Odrestaurowaną cerkiew konsekrował 15 listopada 1951 biskup białostocki i gdański Tymoteusz. W odbudowanej świątyni umieszczono tablicę pamiątkową z nazwiskami duchownych, którzy w przeszłości w niej służyli. Liczbę wiernych w okresie powojennym oszacowano na 1331 osób.
W 2001 w Żerczycach Świętą Liturgię służył metropolita warszawski i całej Polski Sawa; miały miejsce wówczas uroczystości tysiąclecia cerkwi (w oparciu o tradycję miejscową).
Cerkiew została wpisana do rejestru zabytków 15 grudnia 2010 pod nr A-329.