„Emerging from Nonduality”. s. 253.
Jednak powrót świątyni z tej zapaści był bardzo powolny. Rok 1432 był momentem przełomowym. Zezwolono wtedy na powrót niektórym mnichom. Opat Myōko Sōei, który miał rodzinne powiązania z rodziną cesarską, rozpoczął restaurację Myōshin-ji. Została ona ukończona przez jego następcę – Nippō Sōshuna (1368–1448) z linii przekazu Sosekiego Musō. Następny opat Giten Genshō (1393–1462) wywarł już wpływ na cały system rinka. W 1456 roku prowadził świątynię i częściowo odbudował Ikkyū Sōjun (1394–1481). Specjalnie dla niego uczniowie wybudowali pustelnię Shūon-an, która stała się wówczas nazwą całego kompleksu.
W 1467 roku świątynia została spalona w czasie wojny Ōnin.
W 1477 roku dziewiąty opat Sekkō Sōshin przywrócił świątyni podstawy ekonomiczne i porządek w sprawach wewnętrznych, odzyskał wszystkie jej własności. Wśród jego uczniów znajdowała się grupa, nazywana „Czwórką Mędrców”, byli to: Tokuhō Zenketsu (1419–1506), Keisen Sōryū, Gokei Sōton i Tōjō Eichō (1429–1504).