Między innymi dzięki nim wkrótce linia przekazu Myōshin-ji przewyższyła linię przekazu Daitoku-ji i stał się ona pierwszą świątynią szkoły rinzai.
W 1509 roku tereny świątyni znacznie powiększono, poprzez nabycie ziemi pobliskiej Ninna-ji.
W roku 1615 Myōshin-ji została na mocy nowego prawa siogunatu Tokugawa, nazwanego „Jiin-hatto”, poddana jego kontroli. W 1629 roku mnisi rozpoczęli akcję protestacyjną, w wyniku której ukarano czterech z nich. Był to tzw. „incydent purpurowy” (shie) od koloru szat wybitnych mnichów.
W 1654 roku do Japonii przybył chiński mistrz chan szkoły linji Yinyuan Longqi (1592–1673). Miał być zaproszony do Myōshin-ji, jednak opozycja mnichów z otoczenia opata Gudō Tōshoku (1579–1661) sprzeciwiła się temu, co doprowadziło do powstania szkoły zen ōbaku, założonej przez YinyuanaHeinrich Dumoulin. Zen Buddhism: A History. Japan. Ss. 300, 301..
W XVII wieku pojawiły się trzy mocne osobowości mistrzów zen z linii Myōshin-ji: Bankei Yōtaku (1622–1693), Shidō Munan (1603–1676) i Dōkyō Etan (1642–1721). Przygotowali oni drogę dla najwybitniejszego mistrza rinzai – Hakuina Ekaku (1685–1768).
W 1808 roku opatem klasztoru został mistrz Inzan Ien.