Kolejne ciężkie czasy nadeszły w okresie Meiji. W 1868 roku władze wydały ustawę o oddzieleniu shintō od buddyzmu (likwidacja synkretyzmu shintō-buddyjskiego). Powstał także ruch antybuddyjski haibutsu-kishaku. Zniszczono wtedy wiele świątyń, posągów itd. Ucierpiała również Myōshin-ji. Jednak na przekór trudnościom udało się wtedy stworzyć obowiązujący do dziś system administracyjny oraz założyć „Szkołę Lasu Pradźni” (Hannya-rin), która stała się zalążkiem dzisiejszego Uniwersytetu Hanazono i szkoły średniej.
W 1978 roku opatem klasztoru został Mumon Yamada (1900–1988). Jego spadkobierca Taitsu Kono (ur. 1930) został wybrany w grudniu 2009 roku na opata.
Architektura Architektura świątyni wzorowana jest na typowym układzie chińskim wzdłuż osi północ-południe.
Ponieważ zasadniczo wszystkie budynki zostały spalone w 1467 roku, były sukcesywnie odbudowywane począwszy od 1477 roku. Obecnie w kompleksie znajduje się 47 świątyńJudith Clancy. Kyoto, City of Zen. s. 107..
Ważne budynki klasztoru (w nawiasie data budowy)
Opaci