Pierwsze wolne, demokratyczne wybory prezydenckie odbyły się wiosną 2012. Pierwszą turę głosowania przeprowadzoną w dniach 23–24 maja 2012 wygrał kandydat Partii Wolności i Sprawiedliwości Muhammad Mursi (24,78%), wyprzedzając nieznacznie niezależnego kandydata Ahmada Szafika (23,66%), byłego premiera z czasów administracji Mubaraka. W drugiej turze głosowania w dniach 16-17 czerwca 2012 Mursi pokonał Szafika, uzyskawszy 51,73%% głosów. Pierwszego demokratycznie wybranego prezydenta w historii Egiptu zaprzysiężono 30 czerwca 2012.
Rządy Mursiego charakteryzowały się zapędami autorytarnymi. W wydanych dekretach z 22 listopada 2012, znacznie poszerzył prezydenckie prerogatywy. Decyzja ta wywołała fal krytyki wśród opozycji i spowodowała nowe protesty społeczne. Prezydent Mursi był również krytykowany za nowy konserwatywny i islamistyczny projekt konstytucji, przyjęty w referendum narodowym, co oznaczało ponowny sukces islamistów. W trakcie głosowania odnotowano 4000 przypadków naruszania ordynacji wyborczej, jednak nie wpłynęło to na wynik głosowania. Projekt konstytucji został zatwierdzony przez parlament i ratyfikowany przez prezydenta 25 grudnia 2012.