Podczas jego rządów dochodziło notorycznie do protestów ulicznych, a sytuacja polityczna była daleka od stabilnej.
Doprowadziło to do odsunięcia go od władzy przez wojsko w dniu 3 lipca 2013. Tymczasowym prezydentem został Adli Mansur, jednak faktyczna władza spoczywała w rękach dowódcy puczu - Abd al-Fattaha as-Sisiego. W wyniku kryzysu politycznego i zamachu stanu junta wojskowa zawiesiła konstytucję uchwaloną 25 grudnia 2012. W związku z odsunięciem od władzy Bractwa Muzułmańskiego, nowe władze z tymczasowym prezydentem Adli Mansurem ogłosiły plan zmiany konstytucji przez dwie komisje prawne. Po nowelizacji konstytucji została ona poddana referendum, które odbyło się w dniach 14-15 stycznia 2014.
Zamach stanu doprowadził do konfliktu wewnętrznego w kraju między zwolennikami i przeciwnikami Bractwa Muzułmańskiego. Punktem kulminacyjnym tego konfliktu była masakra w Kaiarze z 14 sierpnia 2013, kiedy to siły bezpieczeństwa spacyfikowały obozy zwolenników Bractwa Muzułmańskiego przed meczetem Rabi’a al-Adawijja i na Placu An-Nahda. W pacyfikacji śmierć poniosło 638 osób, z czego 595 to cywile, a 4. tys. osób zostało rannych. Masakra ta wywołała kolejne krwawe starcia między stronami, które przyniosły kolejne setki ofiar.