Za namową Petipy przeniósł się w 1871 roku do Petersburga, gdzie przyjął stanowisko etatowego kompozytora baletowego teatrów carskich. Tam przez kolejne 15 lat skomponował lub opracował muzykę do około 20 baletów Petipy, wystawianych w tamtejszych teatrach: Bolszoj i Maryjskim. Po likwidacji etatu kompozytora baletowego w 1886 roku Minkus przeszedł na emeryturę i w 1891 roku wrócił z żoną do Wiednia. Po jej śmierci w 1895 roku żył samotnie w nędzy. Dodatkowo wybuch I wojny światowej pozbawił go skromnej, rosyjskiej emerytury. Całkowicie zapomniany, zmarł na zapalenie płuc mając 91 lat. Po śmierci został pochowany na cmentarzu Döblinger w Wiedniu. Na fali antysemickiej polityki w 1939 roku został ekshumowany i pogrzebany w anonimowej zbiorowej mogile, a jego grób został zniszczony przez nazistów.