Wirusy Wirusy są przyczyną około jednej trzeciej zachorowań u dorosłych i około 15% u dzieci. Zapalenie płuc często wywołują rynowirusy, koronawirusy, wirus grypy, RSV, adenowirusy oraz wirusy paragrypy. Wirus opryszczki pospolitej rzadko prowadzi do zapalenia płuc, z wyjątkiem noworodków, biorców przeszczepów, osób chorujących na nowotwór lub mających poważne oparzenia. Osoby po transplantacjach niekompetentne immunologicznie z innego powodu często zapadają na zapalenie wywołane przez cytomegalowirusa. Pacjenci z wirusowym zapaleniem płuc mogą być dodatkowo zakażeni również bakteriami Streptococcus pneumoniae, Staphylococcus aureus czy Haemophilus influenzae, zwłaszcza gdy występują inne choroby i powikłania. Dominacja konkretnych wirusów wiąże się z porą roku; przykładowo podczas sezonu grypowego wirus grypy może stanowić przyczynę ponad połowy przypadków wirusowego zapalenia płuc. Czasami pojawiają się także nagłe wybuchy ognisk zapalenia spowodowanego przez hantawirusy i koronawirusy.