Estonia otrzymała część swoich okrętów w darze od państw z basenu Morza Bałtyckiego – tak na przykład Niemcy podarowały jej dwa trałowce typu Kondor, przemianowane na „Sulev” i „Vambola”. Od Danii Estonia dostała najpierw kuter patrolowy „Mallemukken” przemianowany na „Ahti”, a następnie, w 82 rocznicę powstania pierwszej Eesti Merevägi, duży patrolowiec „Beskytteren”. Został on, pod nazwą „Admiral Pitka”, flagowym okrętem marynarki estońskiej. W roku 2004 Dania przekazała Estonii dodatkowo stawiacz min „Lindormen”, który wszedł do służby jako tender nurków „Tasuja”. Najnowocześniejszym nabytkiem Eesti Merevägi są trzy niszczyciele min typu Sandown, zakupione od Wielkiej Brytanii 14 sierpnia 2006 roku.
Z dniem 1 stycznia 2023 roku w skład marynarki wojennej włączono morskie oddziały policji i straży granicznej.
Organizacja i zadania Obecnie struktura Eesti Merevägi obejmuje: Mereväe staap – Sztab Marynarki Wojennej Miinilaevadivisjon – Dywizjon Okrętów Przeciwminowych Mereväebaas – Baza Morska W ramach marynarki wojennej działał również Kaitseliidu Meredivisjon – Dywizjon Okrętów Patrolowych.