Zagłada Żydów w Estonii – prześladowanie i zagłada Żydów przez władze III Rzeszy na terytorium okupowanej Estonii; część ogólnego planu zagłady Żydów przez nazistów oraz ich sojuszników. Niekiedy do Holocaustu na terenie Estonii zaliczana jest również zagłada tamtejszych Romów.
W Estonii zamordowano od 7,5 tys. do 8,5 tys. Żydów (963 z grupy ludności miejscowej, pozostali pochodzili z innych krajów) oraz od 400 do tysiąca Romów. Ogółem według oficjalnych danych Ministerstwa Spraw Zagranicznych Estonii w czasie niemieckiej okupacji na terytorium państwa zostało zamordowanych około 8 tys. mieszkańców Estonii oraz 20 tys. mieszkańców innych państw, w tym radzieccy jeńcy wojenni.
57% Żydów mieszkających w przedwojennej Estonii zdołało się ewakuować przed nadciągającymi wojskami niemieckimi, 10% zesłano w ramach represji stalinowskich jeszcze przed rozpoczęciem okupacji niemieckiej, 11% odbywało służbę wojskową, natomiast 22% pozostało w granicach republiki i zostało zgładzonych. thumb|Pomnik ofiar Holocaustu w obozie Klooga, odsłonięty 24 lipca 2005