Należący do Żydów majątek podlegał konfiskacie.
Na terytorium kraju władze okupacyjne utworzyły Komisariat Generalny Estonia () pod dowództwem Obergruppenführera Karla Lietzmanna. Komisariat ten wchodził w skład Komisariatu Rzeszy Wschód, na czele którego stał Hinrich Lohse. Komisariat Generalny Estonia dzielił się na siedem dystryktów (niem. gebiet), na czele których stali ich komisarze (niem. Gebietskommissar). Powołana została także miejscowa estońska administracja, na której czele stał Hjalmar Mäe.
Zagłada miejscowej ludności żydowskiej (1941) thumb|upright=1.3|Mapa raportująca liczbę egzekucji przeprowadzonych przez Einsatzgruppe A; Estonia sklasyfikowana została jako teren Judenfrei Zagładą Żydów mieszkających w estońskich miastach zajmowały się formacje SS, miejscowa policja polityczna, Policja Bezpieczeństwa oraz oddziały estońskiej organizacji zbrojnej Omakaitse. Pododdziały Einsatzgruppen A pojawiły się w Estonii 10 lipca 1941. Już w sierpniu 1941 zgładzeni zostali wszyscy Żydzi, którzy pozostali w Tartu (około 40–50 osób). W Parnawie żydowscy mężczyźni zostali zamordowani jeszcze w pierwszych dniach okupacji, kobiety i dzieci zaś w ciągu kolejnych sześciu tygodni.