Następnie rozpoczęła się zagłada Żydów mieszkających w Tallinnie.
10 września 1941 standartenführer SS Martin Sandberger, dowodzący Einsatzkommando 1A, wydał postanowienie, które obowiązek „oczyszczenia” Estonii z Żydów przekazywało pododdziałom Omakaitse. Rozkaz ten został uzgodniony z bezpośrednim zwierzchnikiem Sandbergera, dowódcą Einsatzgruppe A Franzem Stahleckerem. 20 września zakończono ustalanie danych tej grupy Żydów, która mieszkała jeszcze wówczas w Tallinnie.
Zagładzie Żydów w Estonii – w odróżnieniu od Holocaustu na Litwie oraz Łotwie – nie towarzyszyły pogromy ani tworzenie gett. W stosunku do każdego zatrzymanego policja przeprowadzała quasi-śledztwo. Przestępstwem, które popełniali zatrzymani, miała być zaś przynależność do narodu żydowskiego.
W raporcie Einsatzgruppe A z 12 października 1941 stwierdzano, iż w Estonii nie odnotowano demonstracji spontanicznego antysemityzmu, mimo podżegania ze strony Niemców. Zatrzymanych w Tallinnie żydowskich mężczyzn osadzano w więzieniu Patarei vangla, a kobiety i dzieci – w obozie koncentracyjnym w Harku.