Kluczową rolę w zagładzie miejscowych Żydów odegrała niemiecka Policja Bezpieczeństwa oraz estońska policja polityczna. Rozkazy aresztowania wydawał Sandberger bądź jego zastępcy. Formalne śledztwo przeprowadzała policja polityczna. Ona też wydawała wyroki. Meelis Maripuu podkreśla jednak, iż treść wyroku była już wcześniej określona i podlegała kontroli niemieckiej policji bezpieczeństwa. Wśród Estończyków zamieszanych w masowe egzekucje Maripuu wymienia naczelnika policji politycznej Rolanda Lepika, rozstrzelanego przez samych Niemców w 1941. Oprócz Lepika masowe egzekucje w Tartu organizowali także oficer do spraw zadań specjalnych Aleksander Koolmeister oraz oberfeldwebel niemieckiej komendantury polowej Fritz Giessen. W Parnawie sprawami tymi zajmowali się tym kapitanowie Villem Raid oraz Arkadi Valdin, natomiast w tallińskim więzieniu – współpracownik policji politycznej Ervin Viks.
Do końca 1942 praktycznie wszyscy pozostający na okupowanym terytorium Żydzi zostali zgładzeni. 31 stycznia 1942 naczelnik policji bezpieczeństwa skierował do Berlina meldunek, w którym stwierdzano, iż „Estonia jest już w całości oczyszczona z Żydów”.