W końcu Iemitsu postanowił wybudować dla Takuana świątynię i uczynić go głową wszystkich szkół japońskiego buddyzmu i klasztorów. Takuan jednak walczył o niezależność buddyzmu i nie zamierzał iść w ślady Sūdena, którego miał za diabła, ani też nie życzył sobie mieć takiej władzy, więc propozycję odrzucił. W końcu znaleziono kompromisowe wyjście i Takuan zgodził się zamieszkać w małej świątyni w Edo, jednak bez żadnej politycznej pozycji. Ta decyzja została oznajmiona podczas ceremonii herbaty w Gotenyamie w Shinigawie przez samego sioguna. Jednak Takuan wbrew swej woli został wyznaczony na głównego doradcę bakufu, co z kolei obrazuje z jakim szacunkiem siogunat traktował byłego zesłańca. Takuan był także jedyną osobą zdolną do utrzymania pokojowej równowagi pomiędzy siogunatem a cesarskim dworemNobuko Hirose. Immovable Wisdom. Str. 12, 13.
Większość wysiłków Takuana w tym czasie poświęcona była utrzymaniu niezależności buddyzmu zarówno od siogunatu, jak i dworu cesarskiego.