Końcowe lata życia W Shinagawie budowano dla niego klasztor, który otrzyma nazwę Tōkai-ji, a Takuan opuścił Kioto w celu obchodzenia 33 rocznicy śmierci jego nauczyciela Ittō Shōtekiego. Wkrótce potem cesarz postanowił nadać tytuł Narodowego Nauczyciela (jap. kokushi) Takuanowi, który odmówił przyjęcia tytułu i poprosił, aby nadać go opatowi Daitoku-ji - Tetsuo. Tak też się stało.
W 1639 roku ukończono budowę klasztoru, którego pełna nazwa brzmiała Banshozan Tōkai-ji. Aby zatrzymać Takuana w Edo Iemitsu umieścił na terenach klasztoru 3000 strażników, którzy przez ludzi nazywani byli Takuan-ban (Strażą Takuana). Gdy Takuan zamieszkał w klasztorze, mistrz musiał przyjmować niekończący się strumień odwiedzającychNobuko Hirose. Immovable Wisdom. Str. 14.
W 1641 roku siogun Iemitsu uchylił wszelkie wcześniejsze decyzje w sprawie Daitoku-ji i Myōshin-jiHeinrich Dumoulin. Zen Buddhism: a History. Japan. Str. 278 i Takuan napisał w liście: "Jest to największe zadowolenie dla tego pokornego mnicha. Po tym czekam tylko na śmierć".