Przeprowadzone przez archeologów wykopaliska w 1998 roku ujawniły, że budowla przeszła przynajmniej sześć renowacji. Podczas każdej dodawano nową i większą nadbudówkę, która przykrywała poprzednią konstrukcję. Odkryto również artefakty, które dostarczyły informacji o początkach miasta. W tym samym roku odnaleziono grobowiec poświęcony Wielkiej Bogini, który zawierał ludzki szkielet, szczątki m.in. wilka, pumy, jaguara, węża i ptaka oraz ponad 400 innych relikwii, w tym obsydianowe figurki, ceremonialne noże i groty włóczni.
W 1999 roku międzynarodowy zespół badaczy pod kierownictwem profesora Saburo Sugiyamy odnalazł na piątym poziomie piramidy grobowiec, zawierający cztery ludzkie szkielety, kości zwierząt, biżuterię, obsydianowe ostrza oraz wiele innych przedmiotów. Wiek pochówku oszacowano na 100-200 rok n.e.
W 2005 roku obfite opady deszczu odsłoniły wejście do tunelu, który rozciąga się pod piramidą. Wewnątrz odkryto kilka bocznych komór, które w 2013 roku zostały zbadane przy użyciu zdalnie sterowanego robota. W jednym z bocznych pomieszczeń odkrył on dziwne żółte kule pokryte utlenionym pirytem. Pojawiły się sugestie, że kule są metaliczne a dawniej były bardziej błyszczące.