Plan wysiedlenia polskich Żydów na tereny zajęte przez Armię Czerwoną nie został ostatecznie zrealizowany – m.in. z powodu niechęci władz sowieckich do przyjmowania tak wielkiej liczby uchodźców. Zanim jednak Sowieci uszczelnili granicę, funkcjonariusze Einsatzgruppen zdążyli wypędzić tysiące Żydów za Bug i San. Niemcy dopuścili się przy tym szeregu mordów, rabunków, gwałtów i podpaleń. Szczególnie brutalny przebieg miało zwłaszcza wypędzanie ludności żydowskiej z terenów południowej Polski (Górny Śląsk, Małopolska), gdzie operowała Einsatzgruppe I dowodzona przez SS-Brigadeführera Bruno Streckenbacha. Jeden z pododdziałów tej grupy – Einsatzkommando 3/I dowodzone przez SS-Sturmbanführera dr Alfreda Hasselberga – na samym tylko odcinku między Sandomierzem a Jarosławiem wypędził za San ok. 18 tys. Żydów. Licznych zbrodni dopuściły się także inne pododdziały grupy Streckenbacha. Punktem kulminacyjnym niemieckiej akcji stały się masowe mordy na żydowskiej ludności Przemyśla (16-19 września). Nieco wcześniej ofiarą pogromu padli natomiast Żydzi z Dynowa.