Przebieg masakry 13 września 1939 roku oddziały Wehrmachtu wkroczyły do Dynowa. Niedługo później do miasta dotarło tzw. Einsatzkommando 1/I. Był to jeden z pododdziałów grupy Streckenbacha, złożony w większości z byłych funkcjonariuszy placówki Gestapo w Weimarze. Jednostką dowodził SS-Sturmbannführer Ludwig Hahn. Esesmani natychmiast przystąpili do mordowania i terroryzowania żydowskiej społeczności Dynowa. W zależności od źródła podawane są jednak różne daty rozpoczęcia pogromu. Większość autorów, opierając się m.in. na zeznaniach żydowskich świadków, podaje, że Einsatzkommando pojawiło się w mieście w pierwszym dniu żydowskiego święta Rosz ha-Szana – tj. 14 września. W niektórych źródłach można jednak znaleźć informację, iż masakra rozpoczęła się 15 września lub 18 września.
Po przybyciu do Dynowa podwładni Hahna rozpoczęli łapankę na ulicach miasta, wymierzoną w mężczyzn narodowości żydowskiej. Ze względu na fakt, iż Żydzi próbowali kryć się w budynkach, Niemcy zaczęli się także wdzierać do domów i mieszkań. Wszystkich zatrzymanych gromadzono na podwórzu miejscowej szkoły powszechnej. Po pewnym czasie Żydów zaprowadzono do jednej ze szkolnych sal, po czym w godzinach wieczornych załadowano do samochodów ciężarowych i wywieziono w nieznane.